AMEA Məhəmməd Füzuli adına Əlyazmalar İnstitutunda fəlsəfə və elmlər doktoru hazırlığı üzrə əyani doktorantura və dissertantura fəaliyyət göstərir. Doktorantura və dissertanturaya qəbul hər tədris ilində mətbuatda dərc olunan elana əsasən aşağıdakı ixtisaslar üzrə aparılır:
5721.01– Mətnşünaslıq, mənəvi-mədəni irsə dair qədim əlyazmaların işlənməsi (tərcüməsi, tədqiqi və nəşrə hazırlanması)
5509.01– Tarixşünaslıq, mənbəşünaslıq və tarixi tədqiqat üsulları
3356.01– Kitabxanaşünaslıq, biblioqrafiyaşünaslıq və kitabşünaslıq
5716.01– Azərbaycan ədəbiyyatı
İnstitutun ixtisaslı mütəxəssislərinin, professor və dosent heyətinin qabaqcıl tədris metodikası sayəsində biliklərini zənginləşdirən doktorant və dissertantlar Əlyazmalar İnstitutunun kitabxanasından, əlyazma saxlancında, şəxsi arxivlərdə qorunan materiallarından yararlanırlar. Onlar aktiv şəkildə İnstitutun elmi yaradıcılıq fəaliyyətinə qoşulur, gənc alim və mütəxəssislərin hər il təşkil olunan konfrans və elmi seminarlarına qatılırlar.
Doktorantura
5721.01– Mətnşünaslıq, mənəvi-mədəni irsə dair qədim əlyazmaların işlənməsi (tərcüməsi, tədqiqi və nəşrə hazırlanması)
5509.01– Tarixşünaslıq, mənbəşünaslıq və tarixi tədqiqat üsulları
3356.01– Kitabxanaşünaslıq, biblioqrafiyaşünaslıq və kitabşünaslıq
5716.01– Azərbaycan ədəbiyyatı
İnstitutun ixtisaslı mütəxəssislərinin, professor və dosent heyətinin qabaqcıl tədris metodikası sayəsində biliklərini zənginləşdirən doktorant və dissertantlar Əlyazmalar İnstitutunun kitabxanasından, əlyazma saxlancında, şəxsi arxivlərdə qorunan materiallarından yararlanırlar. Onlar aktiv şəkildə İnstitutun elmi yaradıcılıq fəaliyyətinə qoşulur, gənc alim və mütəxəssislərin hər il təşkil olunan konfrans və elmi seminarlarına qatılırlar.